En sus conversaciones con Juan Pérez en el convento franciscano de Santa María de La Rábida, Cristóbal Colón le confió secretos que ponían de manifiesto la seguridad que tenía de realizar con éxito la ruta hacia las Indias.
Entonces Juan Pérez escribió una carta a la reina doña Isabel, quien al recibirla mandó llamar al franciscano al campamento de Santa Fe, residencia de los Reyes Católicos durante el asedio a la ciudad de Granada, mientras concluía la guerra de Granada, último bastión musulmán en España.
La intervención de Juan Pérez fue decisiva, pues la reina Isabel mandó traer a Colón a Santa Fe, en las postrimerías del año 1491. Para el viaje se le concedió una suma de dinero destinada al acicalamiento personal, tal era el deplorable estado de Colón.
Vencida la resistencia musulmana con la entrega de Granada el 2 de enero de 1492, acontecimiento que Colón presenció, se formó una Junta decisoria ante el reiterado proyecto del marino genovés, suplicante de atención y medios a la Corona española. En la Junta participaron el cardenal Pedro González de Mendoza, el arzobispo Hernando de Talavera —confesor de la reina y que entonces sería nombrado primer arzobispo de Granada—, el escribano de ración —funcionario oficial del Reino— Luis de Santángel, fray Juan Pérez, el legado pontificio Alejandro Geraldini y otras personas entendidas en la causa que a la postre aceptaron el plan colombino.
Aun así surgió otro inconveniente, un gran obstáculo que trataba de la fuerza con que el paupérrimo extranjero defendió las contraprestaciones a su ambicioso plan. Tal ímpetu de Colón, aparecido como indebido orgullo dada su situación y su extravagante proyecto, condujo a la ruptura de las negociaciones, al parecer por la exigencia del arzobispo de Talavera que no se prestaba a las desorbitadas peticiones del genovés. Corrían los días finales de enero de 1492.
Fue Isabel I de Castilla, la reina Católica, tomando la iniciativa, quien posibilitó la reanudación de las negociaciones con el osado marino y sus valedores. Manda que traigan de vuelta a Colón a Santa Fe, quizá camino de otra corte el errabundo marino, y establece los contactos entre las partes.
Inmediatamente, los favorables al plan de Colón, principalmente Luis de Santángel y Diego de Deza, unido a ellos el camarero del rey Fernando el Católico, Juan Cabrero, convencieron a Hernando de Talavera esgrimiendo como argumento de peso la grandeza y ganancias a tomar si la empresa alcanzaba el éxito, y su escaso coste si no lo tenía.
Por parte de los Reyes Católicos los negociadores fueron encabezados por Juan de Coloma, Secretario de la Corte, y por parte de Cristóbal Colón el encargado era el franciscano Juan Pérez. Concluidas las sesiones y los convenios, el 17 de abril de 1492 se firman los acuerdos establecidos, que han pasado a la historia como las Capitulaciones de Santa Fe. Las firmas recogen los nombres de las personas que ostentaron las representaciones: Juan de Coloma, en nombre de los Reyes Católicos y fray Juan Pérez, en el de Cristóbal Colón.
La capitulaciones se asimilaban a cinco obligaciones interrelacionadas, todas a favor de ‘don’ Cristóbal Colón (desaparecido el Colomo, Columbus o Colonus), que por este calificativo —por concesión expresa del 30 de abril para el uso del ‘don’— se integraba en la nobleza española.
Las concesiones principales estipuladas en el acuerdo eran:
—Poseería Colón el título de almirante con las mismas prerrogativas reconocidas en Castilla, con carácter vitalicio y transmisión hereditaria perpetua.
—Sería Colón virrey y gobernador de las islas y tierras que descubriera, pudiendo proponer a los Reyes ternas para las personas que hubiesen de gobernar, bajo su autoridad, las distintas provincias; los monarcas quedaban obligados a escoger uno de los tres nombres.
—Gozaría del diezmo, no del quinto, de todas las riquezas o mercancías que allí se obtuvieran.
—Ejercería jurisdicción en aquellas querellas originadas por la explotación comercial de las islas y tierras por él descubiertas.
—Tenía Colón privilegio para participar con una octava parte en todas las empresas mercantiles que negociasen en las nuevas tierras.
Por supuesto, todas las concesiones quedaban supeditadas a la realización exitosa del proyecto descubridor.
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Las cosas suplicadas y que Vuestras Altezas dan y otorgan a D. Cristóbal Colón en alguna satisfacción de lo que ha de descubrir en las mares Oceánicas, del viaje que ahora, con la ayuda de Dios, ha de hacer por ellas en servicio de Vuestras Altezas, son las que siguen:
Primeramente, que Vuestras Altezas, como señores que son de las dichas mares Océanas, hacen desde ahora al dicho D. Cristóbal Colón su Almirante en todas aquellas islas y tierras firmes que por su mano o industria se descubrieren o ganaren en las dichas mares Océanas, para durante su vida, y, después dél muerto, a sus herederos o sucesores, de uno en otro perpetuamente, con todas aquellas preeminencias y prerrogativas pertenecientes al tal oficio, según que D. Alonso Enríquez, vuestro Almirante mayor de Castilla, y los otros predecesores en el dicho oficio, lo tenían en sus distritos. Place a Sus Altezas. Juan de Coloma.
Otrosí, que Vuestras Altezas hacen al dicho D. Cristobal Colón su visorrey y gobernador general en las dichas islas y tierras firmes, que, como es dicho, él descubriere o ganare en las dichas mares, y que para el regimiento de cada una y cualquiera de ellas haga elección de tres personas para cada oficio, y que Vuestras Altezas tomen y escojan uno, el que más fuere su servicio, y así serán mejor regidas las tierras que nuestro Señor le dejare hallar y ganar a servicio de Vuestras Altezas. Place a Sus Altezas. Juan de Coloma.
Item, que todas y cualesquiera mercaderías, siquier sean perlas preciosas, oro o plata, especiería y otras cualesquier cosas y mercaderías de cualquier especie, nombre y manera que sean que se compraren, trocaren, hallaren, ganaren y hubieren dentro de los límites del dicho almirantazgo, que desde ahora Vuestras Altezas hacen merced al dicho D. Cristóbal, y quieren que haya y lleve para sí la décima parte de todo ello, quitadas las costas que se hicieren en ello; por manera que de lo que quedare limpio y libre haya y tome la décima parte para sí mismo y haga de ello su voluntad, quedando las otras nueve partes para Vuestras Altezas. Place a Sus Altezas. Juan de Coloma.
Otrosí, que si a causa de las mercaderías que él traerá de las dichas islas y tierras, que así, como dicho es, se ganaren y descubrieren, o de las que en trueque de aquellas se tomaren acá de otros mercaderes, naciere pleito alguno en el lugar donde el dicho comercio y trato se tendrá y hará, que si por la preeminencia de su oficio de Almirante le pertenece conocer de tal pleito, plega a Vuestras Altezas que él o su teniente, y no otro juez, conozca del pleito y así lo provean desde ahora. Place a Sus Altezas si pertenece a dicho oficio de Almirante, según lo tenían el dicho Almirante D. Alonso Enríquez, y los otros sus antecesores en sus distritos y siendo justo. Juan de Coloma.
Item, que en todos los navíos que se armaren para el dicho trato y negociación, cada y cuando y cuantas veces se armaren, que pueda el dicho D. Cristobal, si quisiere, contribuir y gastar la ochava parte de todo lo que se gastare en el armazón, y que también haya y lleve provecho de la ochava parte de lo que resultare de la tal armada. Place a sus Altezas. Juan de Coloma.
Son otorgados y despachados, con las respuestas de Vuestras Altezas en fin de cada un capítulo, en la villa de Santa Fe de la Vega de Granada, a 17 de abril del año del nacimiento de Nuestro Salvador Jesucristo de 1492 años. Yo el Rey. Yo la Reina. Por mandato del Rey y de la Reina, Juan de Coloma. Registrada, Calcena.
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Se concedían escasas probabilidades de éxito a la empresa por parte de los otorgantes de los privilegios, ya que en sus mentes se ideaba más un viaje exploratorio que de descubrimiento, como al final resultó. De ahí que no se hiciera mención alguna a la conversión al Cristianismo de las autoridades de los nuevos lugares: las tres cartas en blanco, de acuerdo con su redacción, se supone destinadas al emperador de Catay, al Preste Juan y al sucesor de Tamerlán.
Para convertir el proyecto en realidad eran imprescindibles las naves y sus respectivas tripulaciones. Los Reyes Católicos dirigieron a Cristóbal Colón hacia Palos, porque allí Diego Rodríguez Prieto y otros compañeros suyos, por quebrantamiento de las disposiciones reales, habían sido condenados por el Consejo a poner a disposición de los Reyes dos carabelas (bautizadas Pinta y Niña) por un plazo de dos meses; de modo que basta un tercer barco más y las tripulaciones para los tres.
El tercer barco fue una nao (bautizada Santa María), perteneciente a Juan de la Cosa, natural de Santa María del Puerto (actual Santoña, en Cantabria).